从蛋白质的氨基酸序列来预测它的三维结构是计算生物学和计算化学长期面临的挑战 。研究人员40多年前就知道蛋白质的结构完全是由其氨基酸序列决定的，但是用序列信息来做结构的预测极为困难 。因为氨基酸链能扭曲和折叠的构象空间极大，而且计算蛋白质构象的自由能也很困难 。但是Ora Scheuler-Furman 和同事在一篇综述中说 ， 生物分子高分辨率模拟上最近的进展正在将计算结构生物学带入一个新时期，使确定自然界存在的结构以及创造新的结构成为可能 。文章作者就模拟改进的起源发表了他们的观点，并描述了体现这些进展的一些结果 。
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