构成螺旋的丝极富弹性，编码蜘蛛丝蛋白的基因序列是一个反映了均化(homogenizing)和异化(divergent)进化势力的妥协的结果 。Hayashi和Lewis说，编码这种细长丝的基因(简称Flag基因)的分子结构可能“对将高性能的丝看做是适应性最佳的超级分子(supermolecures)的解释有特别的含意 。”两种关系很近的蜘蛛种的Flag基因中均含有外显子(编码的)和内含子(非编码的)基因段落 。研究人员发现的迹象证明协调进化冲淡了物种间外显子和内含子的差别 。但是，外显子在基因编码区含有大量的重复片段以防止它们被完全均化 。蜘蛛丝特有的重要的属性是外显子的重复序列所赋予的，而这些序列的存在则是以牺牲协同进化过程为代价的 。
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