解锁冰河时代东亚人群遗传图谱和适应性基因演化 _冰河时代

解锁冰河时代东亚人群遗传图谱和适应性基因演化

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末次盛冰期前后的东亚北部人群动态示意图
（）据中国科学院古脊椎动物与古人类研究所：谈到几万年前的冰河时期，我们立即会联想到动画电影系列“冰河时代”中古代人类形象和当时与其共存的猛犸象、剑齿虎等已灭绝动物的卡通形象。我们也会不禁追问到，当时的东亚人是如何生活的，他们跟我们有什么区别吗？研究表明，冰河时期尤其是末次盛冰期的气候变化对欧洲人群的迁徙和种群大小变化构成影响，考古证据表明其对亚洲高纬度和高海拔地区的人群历史也有类似的影响，但缺少相关的遗传学证据与针对性研究。在这一时期，尤其是末次盛冰期前后的东亚北部人群是否因气候的剧烈变化而发生相应人群的更替或迁徙交流？东亚人群是否携有与这一时期环境适应性相关的特有基因？这些都是关于东亚人遗传构成亟待探索而颇具挑战的关键问题。
2021年5月27日，中国科学院古脊椎动物与古人类研究所付巧妹团队与云南大学张虎才研究组（第一作者为中科院古脊椎所毛晓伟副研究员，通讯作者为中科院古脊椎所付巧妹研究员和云南大学张虎才教授）合作在Cell杂志在线发表了题为“The deep population history of northern East Asia from the Late Pleistocene to the Holocene”的文章。团队对东亚北部人群的古基因组开展了研究，系统绘制出四万年来东亚北部人群的群体动态演化图谱，为探究东亚北部人群的适应性遗传变异情况及相关基因的选择机制提供了新的思路和证据。
一、迄今东亚时间跨度最长的古基因组研究
该研究通过最前沿的古基因组实验技术，获取我国东北地区黑龙江省距今33000-3400年的25个早期人类样本的古基因组数据（其中11例个体超过1万年），涵盖了整个末次盛冰期，填补了东亚北部人群遗传历史的相关时间断层。另外，研究还结合了田园洞人（付巧妹团队此前从我国北京四万年前的田园洞人化石中获取的中国以至东亚最古老现代人的基因组序列）展开演化遗传学与群体遗传学分析，将时间跨度延展到距今四万年到三千年。这里指的末次盛冰期约在2.65万年前开始，一直持续到约1.9万年前，这是距现在最近的极寒冷时期。
二、末次盛冰期之前的东亚北部人群
该研究指出生活在末次盛冰期前、距今约3.3万年的AR33K个体与距今4万年田园洞人的遗传成分相似。这表明在末次盛冰期之前，田园洞人相关人群在东亚北部广泛存在。
三、末次盛冰期末期出现最早的东亚古北方人群
为进一步探究末次盛冰期气候变化如何影响东亚北部人群，该研究针对生存在末次盛冰期末期、距今1.9万年的AR19K个体的古基因组展开分析。这是东亚首例末次盛冰期前后的人类基因组，其数据表明在末次盛冰期前后（1.9万年）东亚北部人群发生了特殊变化，即之前广泛存在的田园洞人相关人群可能消失，东亚古北方人群此时已在黑龙江出现。这一结果将此前研究所发现的东亚南北方人群遗传分化的时间（9500年前）前推了近万年。
四、末次盛冰期之后的东亚北部人群
末次盛冰期之后，东亚北部人群的流动情况又是如何？本研究通过获取末次盛冰期之后黑龙江地区的16例个体基因组数据（距今约1.4-0.9万年），发现黑龙江流域人群的遗传连续性可能早在1.4万年前就已经开始，这比此前假说所提出的时间向前推进了6000年。该结论与黑龙江地区陶器和玉器最早出现在1.5万年前的考古记录相符。另外，本研究发现生活在末次盛冰期后、距今1.4万年前的AR14K个体更符合古西伯利亚人群（美洲之外与美洲原住民最相关的人群）所混有东亚祖源成分的来源。
五、东亚北部人群的适应性遗传变异
研究对东亚北部人群的适应性遗传变异情况也展开探索。此前研究发现其EDAR基因的V370A突变与东亚典型体征如更粗的毛发、更多的汗腺和铲形门齿有关，因此理解其自然选择机制，对研究东亚人群的适应性变异至关重要。本研究通过对大规模的古东亚人群基因组研究，更直接、深入地揭示出该基因的出现时间和可能的选择机制。研究发现，除田园洞人及末次盛冰期之前的AR33K个体以外，EDAR基因的V370A突变出现在包括AR19K在内的所有已知的古东亚人群之中。这一结果表明，EDAR基因的V370A突变率在末次盛冰期快结束或之后不久的时间里可能升高，该结论也使得所估算EDAR突变基因出现时间的上限提早并更为精确。
随着古基因组技术与遗传学分析手段的不断进步，及国内专业团队与考古机构多方、跨学科合作的大力开展，针对东亚人群的古基因组研究已然迎来飞速发展的时刻。本研究首次在东亚地区开展跨度为四万年的大规模人类古基因组研究，且首次利用古基因组在适应性方面探究东亚人群重要表性特征的演化来源，揭示出东亚北部距今40000-3400年的的人群动态遗传历史，并为进一步探索东亚人群与环境的关系提供了重要遗传学证据。
论文链接：https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.04.040
相关报道：解锁东亚人的“哲学三问” 研究揭示冰河时代东亚人群遗传和适应性基因演化
（）据中国科学报（韩扬眉崔雪芹）：我是谁？我从何而来？我将去何处？东亚人将如何回答这“哲学三问”？
中国科学院古脊椎动物与古人类研究所研究员付巧妹团队与云南大学教授张虎才团队合作研究了东亚北部人群的古基因组，系统绘制出4万年来东亚北部人群的群体动态演化图谱，为探究东亚北部人群的适应性遗传变异情况，以及相关基因的选择机制提供了新的思路和证据。日前，相关成果发表于《细胞》。
“我”是谁？
研究表明，冰河时期尤其是末次冰盛期的气候变化，对欧洲人群的迁徙和种群大小变化构成影响。考古证据表明，其对亚洲高纬度和高海拔地区人群的演进历史也有类似影响，但缺少相关的遗传学证据与针对性研究。
在这一时期，尤其是末次冰盛期前后，东亚北部人群是否因气候的剧烈变化而发生相应人群的更替或迁徙交流？东亚人群是否携有与这一时期环境适应性相关的特有基因？在付巧妹看来，这些都是关于东亚人遗传构成亟待探索而颇具挑战性的关键问题。
末次冰盛期约在2.65万年前开始，一直持续到约1.9万年前，是距今最近的极寒冷时期。
自2016年开始，付巧妹团队通过前沿的古基因组实验技术，获取了我国东北地区黑龙江省距今3.3万年至3400年的25个早期人类样本的古基因组数据，其中有11例样本超过1万年。
这些样本涵盖了整个末次冰盛期，填补了东亚北部人群遗传历史的相关时间断层。此外，研究人员在我国北京4万年前的田园洞人化石中，获取了中国乃至东亚最古老现代人的基因组序列，并对其展开演化遗传与群体遗传学分析，时间跨度从4万年前到3000年前。
“我”从哪里来？
从古基因组中，研究人员描绘出末次冰盛期前后，东亚北部人群是如何动态演化的。
研究表明，生活在末次冰盛期前、距今约3.3万年的东亚北部人群个体与距今4万年的田园洞人的遗传成分相似，即在末次冰盛期之前，田园洞人相关人群在东亚北部广泛存在。
为进一步探究末次冰盛期气候变化如何影响东亚北部人群，研究人员分析了生存在末次冰盛期末期、距今1.9万年的东亚北部人群个体的古基因组。
“这是东亚首例末次冰盛期结束前后的人类基因组，其数据表明在1.9万年前的末次冰盛期前后，北部发生了人群特殊变化，即之前广泛存在的田园洞人相关人群可能消失，而东亚北方的古人群此时已在黑龙江出现。”付巧妹表示。
这一结果将此前研究所发现的东亚南北方人群遗传分化的时间，从9500年前向前推了近万年。
末次冰盛期之后，东亚北部人群的流动情况又如何？
“通过获取并分析末次冰盛期之后黑龙江地区16例个体基因组数据，发现黑龙江流域人群的遗传连续性可能早在1.4万年前就已经开始。这比此前假说所提出的时间向前推进了6000年。”中国科学院古脊椎动物与古人类研究所副研究员毛晓伟表示。
这一结论与黑龙江地区陶器和玉器最早出现在1.5万年前的考古记录相符。
此外，该研究发现，生活在末次冰盛期后、距今1.4万年的东亚北部人群个体更符合古西伯利亚人群所混有的东亚祖源成分的基因来源，西伯利亚人群是除美洲之外与美洲原住民最相关的人群。
“我”到哪里去？
东亚北部人群是如何演化的？研究人员对东亚北部人群的适应性遗传变异情况也展开了探索。
此前研究发现，其EDAR基因的V370A突变与东亚典型体征——如更粗的毛发、更多的汗腺和铲形门齿有关。科学家认为，其自然选择机制对研究东亚人群的适应性变异至关重要。
该研究通过对大规模的古东亚人群基因组的研究，更为直接、深入地揭示了该基因的出现时间和可能的选择机制。
研究发现，除田园洞人及末次冰盛期之前的AR33K个体以外，EDAR基因的V370A突变出现在包括AR19K在内的所有已知的典型古东亚人群之中。
这一结果表明，EDAR基因的V370A突变率在末次冰盛期阶段或之后不久的时间里可能升高，该结论也使得所估算EDAR突变基因出现时间的上限提早并更为精确。
该研究是首次在东亚地区开展跨度为4万年的大规模人类古基因组研究，且首次利用古基因组在适应性方面探究东亚人群重要表性特征的演化来源，揭示东亚北部距今3.3万年至3400年的人群动态遗传历史，为进一步探索东亚人群与环境的关系提供了重要遗传学证据。
付巧妹表示，随着古基因组技术与遗传学分析手段的不断进步，国内专业团队与考古机构多方、跨学科合作的大力开展，针对东亚人群的古基因组研究迎来飞速发展的时刻。
相关论文信息：https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.04.040