两个小组完成了对酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）的蛋白之间相互作用的全面分析 。Gavin等人识别出了491种截然不同的蛋白复合物，它们与其他蛋白模块发生作用，生成酵母的细胞机器 。这项工作还生成了超过5000个新的酵母菌种 ， 可供今后进行分析 。Krogan等人识别出了547个复合物，每个平均涉及4.9个蛋白分子 。很多酵母蛋白是在演化中保留下来的 ， 所以这两项重要的普查分析工组对于人类生物学的很多方面也将是有意义的 。
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