改变一种DNA解理酶的特异性，在很多医学或生物技术应用中可能会派上用?。?但从计算蛋白设计的角度来讲，它却是一个很大的挑战 。Ashwell等人用一种计算方法来重新设计“I-MsoI自引导核酸内切酶”，使其显示被改变的目标点的特异性，同时保持野生型的结合亲和力 。重新设计的这种酶与其野生型相比，结合和解理新的DNA识别点的效果要好大约1万倍 ， 而目标识别能力却与原始的核酸内切酶不相上下 。这些结果说明，计算蛋白设计方法可用来为基因疗法和其他应用生成新颖的、高特异性的核酸内切酶 。
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