反对转基因作物的人们所提出的反对意见之一是，转基因作物可能会影响本地作物品种的遗传多样性 。因此，在远离转基因作物最近的种植地数千英里之外的墨西哥 Oaxaca的偏远山区，在传统玉米品种中转基因DNA标记的发现引起了人们的恐慌 。墨西哥1998年宣布暂停种植转基因玉米，所以对这些转基因DNA标记的出现所做的可能的解释包括：它们是1998年之前转移来的；它们是1998年之后当地种植转基因玉米产生的；或它们是通过与美国的农场接触而来到墨西哥的 。
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