微生物在宿主体内的持久存在通常并不是偶然的，而是反映了具有两种或更多不同生命形式的生物的同时出现 。有这样一个假说：对微生物和宿主来说都存在一种选择，这种选择能使双方对于涉及寄生或共生的一种生活的适应性最大化，符合一种稳定的进化策略 。Martin Blaser 和 Denise Kirschner进一步发展了这一假说 。他们开发出一个平衡模型 ， 该模型能够解释人体中微生物之间三种很不相同的互动类型的存在，它们分别涉及幽门螺杆菌（Helicobacter pylori）、伤寒沙门氏菌（Salmonella typhi）和结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis） 。
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