基因复制和损失是演化创新的一个关键机制，但我们对决定该机制的演化原理却知之甚少 。SYNERGY是一种新开发出的算法，利用序列相似性及物种系统发生学来建立一组物种中基因复制和损失的演化史 。这种办法已被用于17种子囊菌（包括常用的模型生物酿酒酵母和裂殖酵母）的基因组，来确定基因复制和损失在酵母这个分支中所发挥的作用 。研究人员所获得的发现之一是，基因复制可能会简化一个系统，而不是使其更复杂 ， 其作用方式是使相关通道更为专业化和模块化 。
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