RNA干涉（RNAi）是作为一种重要的调控机制出现的，在这种调控中，非常短的RNA被用来使基因表达沉默 。因为小RNA只存在于多细胞生物中 ， 所以有人提出，RNAi演化是由在不同组织中或在不同发育阶段调控基因表达的需要驱动的 。但这种观点没有持续多长时间 。最近的两篇论文报告，单细胞藻类（Chlamydomonas）既存在微RNA，又存在短干涉RNA 。这一发现表明，复杂RNA沉默系统在多细胞生物出现之前很久就形成了 。
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