对于一个细胞来说 ， 要除去随着时间推移所积累的不合适的蛋白主要有两个通道：泛素-蛋白酶体系统和自噬作用，后者指的是通过一个细胞自身的溶酶体细胞器来使该细胞自己的组成部分自我破坏 。用泛素-蛋白酶体系统已被瓦解了的一种神经退化疾病的果蝇模型所做的研究表明，自噬作用可以补偿这种损失 。两个蛋白破坏通道在体内是联系在一起的 ， 与微管相关的组蛋白去乙酰化酶HDAC6充当二者之间的联系 。HDAC6的表达足以诱发自噬作用，使果蝇的神经退化得以挽救 。这些发现反映了自噬作用与泛素-蛋白酶体系统之间的关系，并且对于了解与蛋白有关的神经退化疾病的发病机理及可能的治疗方法也有参考意义 。
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