对来自13种脊索动物的146个基因的蛋白序列所做的种系发生对比，获得了一个有可能改变目前关于脊椎动物起源的理论的结果 。过去，人们依据整体形态和复杂程度认为 ， “头索动物”（被称为lancelets的海洋动物，在较早的生物课本中称之为amphioxus，中文名称都是文昌鱼）是脊椎动物现存最近的亲缘种，比“被囊动物”（尾海鞘纲动物、樽海鞘和海鞘）与脊椎动物的关系更近 ， 后者曾被认为是最早的脊索动物分支 。但新的数据表明 ， “被囊动物”，而不是“头索动物”，才是脊椎动物现存最近的亲缘种 。该发现除了在脊椎动物起源方面的意义外 ， 对于将“被囊动物”和“头索动物”作为模型动物的发育研究工作也是有意义的 。

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