识别那些遥控基因表达的时空模式的非编码DNA序列并不简单 。一个有用的线索是演化序列的保持 。对人类基因组中167个非编码序列（通过与河豚鱼、大鼠和小鼠基因组进行对比，发现它们在演化过程中保持程度极高）所做的一项活体分析研究，识别出了75个以前人们不知道的具有组织特定性的增强因子 。这些增强因子在形成后第11天的胚胎中是活跃的，它们中多数将表达引向正在发育的神经系统 。这一方法的成功表明，在人类和河豚鱼之间保持下来的另外5500个非编码序列也许还能产生另一批新的基因增强因子 。
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