一个欧洲研究小组发现 ， 有些尼安德特人也许有色素变异，理论上他们可能具有与某些现代欧洲人类似的浅肤色和红头发 。Carles Lalueza-Fox和同事分析了来自西班牙和意大利的两个尼安德特人的DNA样品 。他们具体研究了MC1R基因序列，该基因编码与生产黑色素有关的蛋白质 。在现代人类中，尤其是欧洲裔的人中 ， 该基因的变异导致红头发和浅肤色，因为变异减弱了蛋白质的活性 。文章作者在尼安德特人样品中找到了一个新的变异，或称“等位体”，并用培养细胞研究了变异蛋白质的活性 。他们的结果指出，尼安德特人的等位体看起来与现代人类的变异对黑色素生产同样的作用 。但是，尼安德特和现代人类的等位体不一样，文章作者说，MC1R基因的变异很可能是在这两个种群中独立出现的 。

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