真核基因组在活体中不以裸露DNA形式存在，但在被称为染色质的蛋白-DNA复合物中是以裸露DNA形式存在的 。染色质含有核小体 ， 它们是紧紧包裹在一个组蛋白核心周围的短DNA片段，排斥大多数结合DNA的蛋白，所以起抑制剂的作用 。在一项研究工作中 ， 研究人员将计算方法和实验方法结合起来，用以确定核小体对DNA序列的偏好，并预测整个基因组范围内核小体的组织 。酵母基因组编码一个内在的核小体组织，这可以解释活体中核小体位置的大约一半 。该编码在不同真核细胞中都高度保留了下来 ， 它的作用是将转录因子引导到它们的结合点 ， 并辅助很多其他的特定染色体功能 。
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