自然的细菌种群中许多基因型以及可能的表型的变化也许是“中性的”，也就是说，多样性可能不带给种群中不同成员适应性的差别 。在生态和进化的背景下了解细菌多样性，对微生物学家来说是有益的，过去他们一直是用克隆的孤立种群作为模式系统来研究细菌种群所助长的过程 。这些发现还可能帮助那些试图搞懂微生物世界中惊人多样性的研究人员 。他们发现 ， 个体的克隆在环境中的数量极少，所以实际上，可以说没有两个细菌是相同的 。这意味着任何个体的克隆对整个种群的功能来说相对不重要 。
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