研究人员用基因信息建造了蝙蝠的家谱,虽然蝙蝠约占哺乳类动物的20%,但是人们对它们的进化历史却知之甚少 。其实,Emma C. Teeling和同事估计 , 约60%的蝙蝠化石记录还没有找到 。这些研究人员比较了来自现代蝙蝠家族的基因序列,以重建微型蝙蝠(microbats)和巨型蝙蝠(megabats)的进化关系 , 微型蝙蝠用回声定位,而巨型蝙蝠不用 。他们还跟踪了主要蝙蝠系的古地理发源地 。他们的结果支持这样的假设:巨型蝙蝠嵌套在4个主要微型蝙蝠系之间,这些微型蝙蝠系起源于早始新世(约5000万年前) 。那也是全球温度明显升高的时期,同时伴随着植物和昆虫多样性的增加,意味着随着它们的猎物的多样化,蝙蝠也快速地多样化了 。Nancy Simmons 在一篇相关的研究评述中写道,“作为能捕捉到有翼猎物的飞行捕食者,它们面对丰富的资源,在始新世的夜晚大概几乎没有竞争对手 。”
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