疫苗开发和针对流感、I型艾滋病毒、丙肝和其它病原体的等毒菌的监视也许将受益于一个新方法，该方法量化和形象化了刺激免疫反应的病毒蛋白的进化过程 。这种由病毒编码的抗原蛋白质具有高度的可变性，但是它们变化经历的一系列的形式是可模拟的 。Derek Smith和同事研究了流感A病毒亚型H3N2从1968大流行到2003的中的演变 。通过将抗原“形状空间”的分析与遗传变异结合起来，研究人员指出流感病毒的抗原变异过程是“跳跃型”的，而它的遗传变异却更具有渐进性 。他们还表明小的遗传变化有时会导致相对大的抗原变化，抗愿变化大到应该生产新疫苗的程度 。研究人员指出 ， 这种组合方法有助于监视具体疫苗的效果 ， 同时也许能帮助预测新出现的病毒是否会造成大流行 。
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