研究发现衣原体用所谓“分子伪装”的办法使细菌进入免疫系统，导致心脏的炎症，其机制包括宿主的自身免疫的紊乱 。正如披着羊皮的狼，一些病原体表面携带几乎与宿主细胞的蛋白相同的蛋白，使其逃避宿主的免疫系统 。有时免疫系统不会为这种伪装迷惑而其向发动攻击，如果攻击过程同时损坏了宿主细胞本身，则自身免疫产生紊乱 。研究者发现衣原体表面带有一种和老鼠心肌中的肌球蛋白完全一样的蛋白 。衣原体肺部或生殖器官的感染，引发局部免疫反应，从而引起系统范围的免疫活动 。宿主免疫细胞向心脏的也肌球蛋白发起攻击，导致心脏自身免疫失调 。
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