比较基因组学有可能解决目前生物学研究中的一个中心问题∶基因组中功能信息的识别 。《自然》杂志发表了作为比较基因组学中首批重大研究工作之一的一项研究工作的结果，该结果表明，比较基因组学是一项功能极为强大的技术，将对关于包括人类在内的所有物种的基因组分析产生巨大影响 。研究人员将三种酵母（这些酵母与S. cerevisiae酵母相距500万-2000万年）的基因组序列草图与S. cerevisiae酵母的完整基因组序列做了对比 。这一对比导致对酵母基因目录做出重大修正，这些修正包括建议删除大约500个以前已经注解过的基因和发现约50个新基因 。这些成果被认为是向着识别基因组中大多数不为基因编码、但却可能调节其功能的那些成分的功能这一目标迈出的重要一步 。
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