对人类Y染色体上男性特定区域所做的详细序列分析显示 , 存在一个由重复序列元素镶嵌成的复杂区域,包括人类X和Y染色体由其演化而来的古染色体的残留物 。尽管X和Y染色体不再参与生殖性“性”活动(亦称重组) , 但Y染色体通过将很多基因放在构成该染色体很大部分的镜像序列中保持了其基因的完整性 。这些镜像基因似乎在以每代男性600个碱基对的高速度相互重组 。将人类Y染色体的序列与黑猩猩Y染色体的序列所做的比较显示,早在人类与黑猩猩在大约500万年前分异之前,若干镜像序列就已经形成了 。
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