基因复制为演化上的新功能提供一个重要模板，尽管这些新功能是在基因复制之前还是之后出现的仍是一个激烈争论的话题 。很多基因是在它们积累有害突变时从基因组中消失的，但其中一些通过分割它们的先祖功能或增添新功能逃过这一命运 。基因复制产物的一个有趣、但尚未证实的命运是，分开的基因版本中先祖功能有所改进，推动这种改进的是正选择 。David Des Marais 和Mark Rausher发现，这一过程发生在一个为植物花青素通道中一个关键酶编码的基因中，而且他们提出 ， 这一过程比以前所认为的更普遍 。
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