古菌曾经一度被认为是两个原核生物分支中更原始的一个，但它们现在被认为与真核生物的关系比与细菌的关系更密切 。现在，古菌RNA聚合酶（RNAP）晶体结构的确定使我们能够对生命的所有三个分支的转录机器的结构进行比较 。古菌酶与真核生物酶在结构上有惊人的相似之处，应当可以作为剖析真核细胞转录的分子基础的一个有用的模型体系 。
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