即便是在克隆的细胞群中，细胞与细胞之间也有显著的表现型差异 。这可能反映了基因表达所固有的“噪音”；或者不同的细胞状态可能代表稳定的表现型变体 。Chang等人分析小鼠造血干细胞（这些造血干细胞对干细胞标记Sca-1有非常高的表达）一个克隆细胞群中的一个“离群者”的行为，并且发现，离群者拥有与众不同的转录组（transcriptomes） 。这些转录组最终变回了中值细胞（median cell）的转录组 。虽然它们是不同的，但它们有可能驱动细胞去表达不同细胞命运的特点 。所以 ， 基因表达的克隆异质性可能并不是由于各个基因的表达中所存在的噪音，而是反映了一个缓慢波动的转录组的亚稳态 。这些波动在细胞命运决策中可能决定着多能先祖细胞可逆的、随机的启动 。

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