目前正在美国进行的关于流感疫苗菌种选择的辩论，凸显了我们需要从流行病学角度来了解流感病毒 。对从世界各地分离出的超过1,300种流感病毒-A的基因组序列所做的一项分析表明，它的演化是以经常的基因重整（reassortment）和偶尔的强烈选择相结合为特点的 。在流行病学层面上，H3N2 和 H1N1病毒亚型所表现出的动态让我们看到了这样一个生态模型：在该模型中，新的抗原变体周期性地从一个持久存在的流感库（这个库有可能在热带地区）中演变出来，进入位于温带地区的“sink populations”中 。

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