不同性别决定体系在植物界和动物界是独立演化的 。存在于很多动物和少数植物中的这样一个体系，涉及形态上有差异的染色体，它们在一种性别中是不同的，而在另一种性别中则是相同的 。植物性染色体比动物性染色体演化时间更晚，其差异也不如动物性染色体明显 。现在，科学家在番木瓜植物中识别出了一个原始的性染色体 。这一Y-染色体仅10%真正涉及性别决定 。这一雄性特定的区域比该原始性别染色体其他90%的区域基因密度低，这是性别染色体可从含有一个性别决定基因的常染色体演化而来的直接证据 。
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