第一项涉及对来自环境样品的未培养微生物进行测序的研究工作，让我们看到了用基因组学方法对尚未在实验室中培养的生物体进行研究的价值 。从美国加州铁山数百英尺下的Richmond黄铁矿渗漏出的酸性水，含有一种被称为生物膜的微生物群落 。该生物膜由细菌和原始细菌组成，后者是一组与众不同的微生物，包括许多能够忍耐极端条件的生物 。研究人员已经确定了来自该矿山的一种细菌（Leptospirillum）和一种原始细菌（Ferroplasma）的完整基因组 。二者都具有用来固定碳和氮的通道的基因和生成能量的基因，适合在这种极端环境中生存 。对 “环境”基因组进行测序的这一早期实验之所以成功，得益于这样一个事实：该生物膜只包含少量几乎没有基因组重排的物种 。物种内的多数变异是以DNA序列的单字母变化的形式进行的 。
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