死亡的有机物分解成有用的含氮肥料的过程（在园丁们的堆肥场中所发生的就是这一过程），通常被假设涉及几种不同微生物 。现在 ， 对在马蹄形野豌豆和其他植物的根部发现的一种植物毒素（该毒素在根部的作用可能是防止食草动物将植物吃掉）的合成和生物降解所做的一项研究 ， 显示了一个以前人们不知道的机制，通过该机制，氮能够在没有细菌或其他帮手干预的条件下返回土壤中 。某些豆科植物在其根部积累这种毒素，其名称为3-硝基丙酸 。这种毒素自然分解成氧化的无机氮，后者作为垃圾返回土壤中，从而对氮循环做出贡献 。这些自己“堆肥”的豆科植物还能在其根瘤中的共生细菌的帮助下固定大气中的氮，从而将氮循环的主要步骤综合在一种生物中 。
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