利用基因组数据描绘霍乱大流行过程 _基因组

利用基因组数据描绘霍乱大流行过程
（）据EurekAlert!：在受到霍乱影响最深重的整个非洲大陆，François-Xavier Weill和同事用内容浩瀚的基因组数据来描绘第七次-即目前的-霍乱大流行过程。他们在一篇《报告》文章中介绍了该发现，他们提供的详实资源可能会给霍乱的未来控制提供信息。霍乱是由霍乱弧菌急性感染所致的体液致命性丧失的疾病，尽管它被认为是过去存在的一种疾病，但它继续影响着世界上许多地区。第七次霍乱大流行始于1961年，它在整个南亚、非洲、拉丁美洲和加勒比海地区蔓延，每年导致的死亡人数估计达2万1000人至14万3000人。以往对霍乱传播的调查未能对该病如何能在各个大陆上全面蔓延提供完整的画面。
如今，通过分析来自1070个分离的霍乱弧菌群（它们在为期49年的时间中遍布45个非洲国家）的基因组数据，Weill等人显示，第七次霍乱大流行的蔓延皆源于某单一菌株，即E1 Tor菌株；它自1970年以来已经至少有11次（主要是从亚洲）被引入到两个主要的地区：非洲西部和东南部，并导致持续时间长达28年的疫情。更有甚者，最后5次传入非洲的还有对多种药物有抵抗力的霍乱菌亚型，其中第一个抗药菌群是在1980年代初发现的。2000年之后，这些适应力强的菌群最终取代了对药物敏感的霍乱菌，作者假设，这一现象与那时大规模使用不同的抗生素有关系。作者说，有趣的是，这些菌群的遗传时间线支持将人为因素与霍乱传播关联的研究，而不支持那些认为霍乱疫情与气候和环境因素有关的研究。
在第二个不同的《报告》中，Daryl Domman和同事对拉丁美洲霍乱的起源和传播进行了研究；尽管霍乱在该地区已经消失了近100年之久，但那里却出现了全球最大的2起霍乱疫情。正因如此，在拉丁美洲追溯该病的扩散会为厘清造成大流行和局部流行的霍乱菌世系并找出哪些菌系引起2次霍乱大流行提供独特的机会。通过全基因组测序来表征整个美洲在40年时间内分离的252个霍乱菌群，Domman等人发现，其中有164个菌株属于造成大流行的E1 Tor菌系，另外88个为其它不同的菌系。他们的分析显示，该大流行霍乱弧菌是引起2次霍乱大流行的唯一菌系。相反，确认的会造成局部流行的菌系（它们至少有7个）与造成霍乱大流行菌系所致疾病的特点不同，例如，前者会引起零星感染和短期爆发而非爆炸性的疾病流行；它们仅在占据储水库环境（如墨西哥湾沿岸）时才会引起长久且广泛的疾病。作者说，通过加强对哪些菌系会引起特定类型霍乱爆发的了解，人们可更有效地针对这些流行病来改变公共卫生的因应方式。